El Vall d'Hebron seqüencia el genoma del coronavirus, un pas bàsic per obtenir vacunes

Investigadors de Vall d'Hebron han seqüenciat el genoma complet de dues soques del SARS-CoV-2 de dos pacients. Es tracta d'una col·laboració entre el Grup de Recerca en Malalties Hepàtiques del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR), amb una àmplia experiència en tècniques de seqüenciació massiva, i la Unitat de Virus Respiratoris del Servei de Microbiologia de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron.

De genomes del virus ja n'han establert seqüències diversos equips i es fan públiques a la base de dades internacional GISAID. Es va crear el 2008 i proporciona accés a la col·lecció més completa de dades de seqüències genètiques de virus de la grip i dades clíniques i epidemiològiques relacionades.

A l'Estat espanyol, les primeres seqüències les van obtenir a mitjans de març investigadors de València. I fa pocs dies científics del Centre Nacional de Microbiologia de l'Institut de Salut Carlos III van realitzar la seqüenciació completa del SARS-CoV-2 gràcies a mostres respiratòries de pacients de diferent zones d'Espanya.

En aquest cas, però, a més d'aportar dues noves seqüències completes, el fet a destacar és que l'han obtingut investigadors que no es dediquen als coronavirus, sinó al virus de l'hepatitis C. Es tracta del Grup de Recerca en Malalties Hepàtiques del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR), que ha treballat amb la Unitat de Virus Respiratoris del Servei de Microbiologia de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron.
 

Preparar-se per a nous virus

Aquesta recerca s'emmarca en un projecte per fer front a nous virus que s'havia de desenvolupar en el termini d'un any, però que s'ha accelerat, com explica el doctor Josep Quer, investigador del VHIR i del CIBERHED (Centre de Recerca Biomèdica en Xarxa de Malalties Hepàtiques i Digestives) i membre de la Societat Espanyola de Virologia:

"El projecte es desenvolupava per si apareixia un virus nou en algun lloc del món o per si detectàvem en algun pacient un virus que no coneixíem. Amb l'aparició del SARS-CoV-2 hem aprofitat tota la nostra experiència en seqüenciació i hem obtingut aquests resultats en dues setmanes."

Les dues seqüències són completes i no tenen, com en moltes altres, el que anomenen indeterminacions –espais on no s'està segur de quina lletra hi ha.

Són un pas perquè el grup pugui fer altres estudis sobre el SARS-CoV-2 i ja es troben a la base GISAID. Que equips diversos obtinguin seqüències de virus procedents de pacients diferents és molt important de cara a establir la variabilitat del coronavirus, un element bàsic per obtenir vacunes.

Un virus poc variable

De moment, se sap que el virus muta poc, i això és important, perquè quan s'obtingui una vacuna no caldrà crear-ne una versió diferent cada any.

El SARS-CoV-2 té un genoma molt gran, amb 29.900 bases, el triple que el virus de l'hepatitis C. Però dintre d'aquestes vora 30.000 "lletres del seu alfabet genètic, el màxim que s'ha vist en algunes soques són 18 canvis respecte al que va sorgir a Wuhan. És com si copiant un text de 29.900 lletres només cometéssim 18 errors.

Això significa que el genoma té molta estabilitat i els punts febles serien els mateixos per a virus de tot el món. Ara, el repte és trobar aquests punts febles per dirigir-hi la vacuna. Serien les zones invariables en el genoma.
 

Conèixer un virus que es quedarà entre nosaltres

I per trobar la variabilitat i els punts febles cal establir seqüències exactes. Ara com ara es fan seqüències "mitjana". En els esputs de malalts que s'utilitzen per aïllar i seqüenciar el virus n'hi pot haver des de 600 a 100.000 milions. Per això, la seqüència que s'obté és la mitjana dels virus analitzats.

Segons Quer, si no haguéssim fet res, aquest virus s'hauria transmès a totes les persones del planeta:

"L'única manera que hem tingut és fer aquests tallafocs, aïllar la gent. Quan tinguem la vacuna aquest serà un altre tallafoc."

Però això no eliminarà el virus:

"És possible que un cop hagi passat aquesta gran pandèmia pugui quedar resilient. I aleshores serà molt important fer una vigilància, perquè si torna a sortir un altre brot, identificar-lo, comparar-lo i veure si és més patogènic. Ens podríem trobar que s'haguessin de readaptar una mica les vacunes, com està passant amb el virus de la grip."

El que caldria, segons el doctor Quer, és estudiar-lo amb més profunditat i establir de forma clara la seva variabilitat. No anar a mitjanes, sinó a seqüències diferents de soques diverses. Aquest coneixement serà útil no només per obtenir vacunes o fàrmacs, sinó també per predir què pot passar en els pròxims anys i com actuar davant de possibles varietats del SARS-CoV-2.