El Mestre Ninja parla als Mini Ninges del Yata, un mirall-escut que és símbol de valors tan importants com el de compartir. El Hiro, sempre tan temerari, decideix anar-lo a buscar i es deixa enredar pel senyor Ashida. Del mirall, de sobte n'apareix un doble seu, el Hori, que intenta que la Suzume i el Futo el portin fins al cau secret del Mestre Ninja amb l'objectiu de descobrir on és.
El senyor Ashida ha escampat pol·len de Yakuzo per tota la Terra sota els Núvols per deixar el Mestre Ninja sense poders. L'únic antídot que existeix contra aquest pol·len tan potent és la flor de Fugasashi, una flor violeta amb forma de cor que només es troba al cim del mont Tempura. Si els Mini Ninges no la troben abans que es pongui el sol, el Mestre es quedarà sense poders per sempre més.
La Shoko i els samurais han parat una trampa als peixos del riu perquè el senyor Ashida vol ous de peix per esmorzar. El Hiro, la Suzume i el Futo demanen permís al Mestre per anar-los a salvar, i el Hiro, saltant-se les ensenyances del Mestre, es fusiona amb un peix per intentar salvar els altres. El resultat és que, a més de no poder desfer la fusió, l'acaba capturant la Shoko.
Un cop cada 50 anys, per l'equinocci de primavera, el Dobutsu-Sama, un esperit d'energia Kuji pura, torna a la Terra i es reencarna en un animal. El senyor Ashida vol aprofitar aquest moment de vulnerabilitat del Kami per capturar-lo i esclavitzar-lo, i acabar convertint-lo en un samurai invencible. El Hiro, la Suzume i el Futo intentaran trobar aquest ésser fort, majestuós i serè abans que la Shoko, però primer hauran de descobrir quin animal és.
Mentre es preparaven per submergir la nau ninja, la Kunoichi ha comès un error i ha perdut el pergamí de la tècnica de la invisibilitat dels ninges. El Mestre Ninja sap que seria una desgràcia que anés a parar a mans de l'Ashida, per això envia els Mini Ninges a recuperar el preuat pergamí. La gran ensenyança d'avui és que tothom pot cometre errors, fins i tot els Mestres Ninges!
Arran d'un somni de la Kunoichi, el Mestre Ninja parla als Mini Ninges de la existència del Murikabin, un gerro misteriós que havien utilitzat els seus mestres fa molts i molts anys. Es tracta d'un gerro amb uns poders increïbles, que de cap manera ha d'anar a parar a mans del malvat senyor Ashida. La Shoko, que ha enviat samurais a pentinar la Terra sota els Núvols, aviat descobreix la missió dels Mini Ninges.
El malvat Ashida està decidit a construir un camí entre la Fortalesa de l'Est i la de l'Oest destrossant tot el que trobi pel mig, com ara el poblat de la Terra sota els Núvols. L'aparició dels samurais voladors farà que amb els poders dels Mini Ninges no n'hi hagi prou per aturar l'exèrcit de la Shoko. Aquesta vegada hauran de confiar en la màgia del gran Mestre Ninja, i en la de la natura!
El Futo es troba una cria de panda abandonada i ferida, i el Mestre li explica que es tracta d'un pandakuji, un animal màgic que té uns poders de curació d'una rapidesa extraordinària. El Hiro de seguida s'adona que, si un animal amb aquests poders caigués a mans de l'Ashida, el podria convertir en un samurai invencible. La missió d'avui és tornar el pandakuji amb la seva família, a les grutes de Myazaka.
La Shoko ha trobat el temple on hi ha la llegendària armadura de Kuro Zawa, i el senyor Ashida vol que l'hi porti per crear un samurai invencible que aconsegueixi derrotar per sempre més els Mini Ninges. El Mestre, conscient de la gravetat de la situació, envia el Hiro, la Suzume i el Futo al temple on el gran mag Tomifu Shirome hi va amagar un munt de trampes i de paranys.
Quan el senyor Ashida descobreix que pot convertir els esquirols en samurais acròbates d'allò més efectius, ordena a la Shoko que caci tots els del bosc per crear un nou exèrcit invencible. En Hiro i companyia hauran d'aprendre a lluitar contra un altre tipus de samurais, molt més àgils i amb un punt del kuji molt més difícil de tocar. Els Mini Ninges hauran d'afinar molt més la punteria!
Després d'haver decebut el Mestre Ninja, el Hiro decideix anar-se'n tot sol a derrotar la Shoko, que també està decidida a demostrar al seu avi, el senyor Ashida, que és capaç de capturar tots els Mini Ninges ella sola. La Suzume i el Futo, d'amagat del Mestre, s'escapen per anar a ajudar el seu amic, que encara ha d'aprendre moltes coses abans de convertir-se en un ninja de veritat.
El Mestre li diu al Hiro que ha d'aprendre a fusionar-se amb altres animals que no siguin el Guillot, però té la mala sort que, quan es fusiona amb una granota, la Shoko el captura i el converteix en un samurai. La Suzume i el Futo són els encarregats d'anar a la fortalesa de l'Ashida a rescatar-lo, però no tenen ni idea que el seu millor amic és un samurai!
Durant un exercici de camuflatge, el Hiro intenta el seu encanteri d'invisibilitat, però un seguit de boles de foc desamarren la nau ninja i l'envien riu avall cap a la cascada. El Shun i la Kunoichi fan tot el que poden per aturar-la, però és gairebé impossible evitar la catàstrofe. El Hiro, la Suzume i el Futo són els únics que els poden ajudar, però la nau avança de manera irremissible cap a la cascada.
L'Ashida està construint un túnel per connectar la sala de forja dels samurais amb la seva fortalesa, i està destrossant tot el bosc. El Mestre Ninja envia el Hiro, la Suzume i el Futo a aturar la Shoko, però aquesta vegada el Shun s'afegeix a la missió. El Hiro no hi està gaire d'acord, perquè diu que només és una rata de laboratori, però aviat descobrirà que un cavall, per galopar, necessita les quatre peülles.
Quan el Mestre Ninja descobreix que el senyor Ashida està robant l'arròs de la gent del poblat, decideix enviar el Hiro, la Suzume i el Futo a parar els peus a la Shoko. Un descuit dels Mini Ninges podria fer que la malvada Shoko descobrís on tenen el refugi secret, però, gràcies a una idea genial del Futo, els nostres amics tindran una segona oportunitat per esmenar el seu error.
El Hiro, la Suzume i el Futo ensopeguen amb una colla de mones que els roben el quimono, la flauta i la maça respectivament. La guineu les persegueix, però tenen la mala sort d'acabar en poder de la Shoko, que les tanca dins d'una gàbia. Els Mini Ninges se les hauran d'empescar per salvar-les, però sense les seves armes, és a dir, sense la seva màgia.
El Hiro està molt trist perquè el Guillot ha desaparegut. Segons el Mestre, se n'ha anat a formar una família, però casualment també ha aparegut un samurai que no para d'atacar els galliners del poblat. És el samurai del sol ponent, que coneix molt bé els punts dèbils de tots els Mini Ninges i que és de color taronja, igual que el Guillot. Potser són massa casualitats!
El Hiro i la Suzume no es posen d'acord en res, i el Mestre Ninja els obliga a fer guàrdia de nit per torns al pas secret que dona accés a la nau ninja. La guàrdia l'acaba fent el Mestre, però aquella mateixa nit desapareix. Naturalment, la missió d'avui dels Mini Ninges és buscar el seu Mestre, i, convençuts que l'han segrestat la Shoko i els seus samurais, comencen la recerca.