Un esternut d'en Rico ha fet una esquerda que podria provocar l'esfondrament de tot el zoo. El Capità ha enviat els castors a reparar-la, però s'han enamorat d'unes femelles de toixó i no hi ha manera que treballin! Més tard, aprofitant que avui tot li surt bé, el Capità decideix entrar a l'ambaixada danesa per recuperar el dossier de tot el que saben d'ell. Comença l'Operació Omega Zulu!
El capità, tip que els ximpanzés siguin l'espècie preferida per explorar l'espai, ha decidit que aquesta vegada serà un pingüí el que anirà a la Lluna. I l'escollit serà... el Recluta! El que no sap és que el viatge només és d'anada! Més tard, una nevada fora de temps deixarà el Capità i la Marlene atrapats amb l'X, el que havia sigut l'exterminador! Tot fa pensar que tenen els minuts comptats!
En Bada i en Bing acaben de rebre un carregament de plàtans mascle africans que els recorden la mare i que representen un trosset de paradís que se'ls fon a la boca. El rei Julien i la Marlene estan decidits a cruspir-se'ls tots, i no saben pas què els espera! Més tard, el Capità se sotmetrà a la PELL, la Prova Especial per Líders al Límit, per demostrar que encara és vàlid per ser el capità!
A en Fred, l'esquirol, li ha tocat la grossa del roure i s'ha fet milionari! Com que no sap com malgastar tants diners, ha demanat consell al rei Julien, que l'ajudarà a disfrutar de la riquesa. Segons en Maurice, no se n'haurà adonat i ja l'haurà plomat! Més tard, coneixerem la temible fossa, el depredador més cruel de Madagascar, l'enemic número 1 del rei Julien!
El Recluta, sense adonar-se'n, ha trencat la presó de ceràmica que feia set segles que tenia tancat en Kuchikukan, el Destructor de Mons. Segons la llei bàsica dels artefactes maleïts, ara el Kuchikukan posseirà el cos del Recluta per destruir tot el planeta. Comença l'Operació Apocalipsi Llunicorn! El pingüins tenen el temps comptat per salvar el planeta!
El nou detector d'enemics d'en Kowalski, que com de costum és un fracàs, ha començat a fer estralls per tot el zoo. Ara resulta que el Capità reconeix tots els altres pingüins com a enemics i està decidit a eliminar-los! Més tard, els temibles germans Vesuvi compren totes les entrades de la jornada nocturna de portes obertes del zoo i la comencen amb el lema "al zoo de nit, a trinxar s'ha dit"!
En Clemson ha tornat al zoo amb un certificat de naixement d'en Julien que demostra que no pot ser rei. Ara els lèmurs hauran de triar un nou rei en una competició sagrada. En Julien no pot heretar la corona, però la pot guanyar! Més tard, el Recluta comandarà la missió per quedar-se tots els paquets de galetes de mantega de cacauet de la fàbrica Wally Winky, que està a punt de tancar.
El Capità, per recompensar el Recluta, que sempre rep per totes bandes, ha decidit portar-lo a veure "Els llunicorns sobre gel", un espectacle que en Bing i en Roy, el rinoceront i el goril·la, aviat convertiran en l'espectacle més sonat de Nova York! Més tard, el Noi d'Amarillo tornarà al zoo, però aquesta vegada per demanar ajuda al Recluta, o potser per aixecar-li la camisa, que és la seva especialitat
Al zoo s'hi ha instal·lat una gallina blava que tothom assegura que és capaç d'endevinar els resultats de tots els partits de beisbol. En Kowalski està decidit a demostrar que és impossible predir el futur, però no sap pas el que l'espera! Més tard, el rei Julien intentarà sabotejar una missió dels pingüins per recuperar el seu estimat Maurice.
El rei Julien ha proposat, per ordre reial, un concurs de salts espontani, però del bot que ha fet ha anat a parar als carrers de Nova York. Una velleta se l'ha endut a casa seva, on ja hi viu la Zoe, una fura que se la sap molt llarga! Més tard, el Capità absorbirà una dosi molt elevada d'Inflàtium i haurà de fer una dieta estricta de res d'acció, res d'aventura i, sobretot, res d'enfadar-se!