Jordi Savall ha rebut un munt de guardons, premis i distincions al llarg de la seva vida artística. Per exemple, ha rebut la Creu de Sant Jordi el 1990, el Premi d'Honor Jaume I el 2000, la Medalla d'Honor del Parlament de Catalunya, el Premi Nacional de Música el 2009, el Premi Grammy el 2011... I també ha estat proclamat Officier de l'Ordre des Arts et des Lettres, pel Ministeri de Cultura francès, i ha obtingut el Premi Händel, atorgat per la ciutat alemanya de Halle.
El 2006 va ser proclamat doctor "honoris causa" per la Universitat de Barcelona. Aquest va ser el seu discurs de presa de possessió.
Jordi Savall va ser també el primer català a rebre el premi Léonie Sonning, conegut com el "premi Nobel de la Música".