Un dels objectius de La Marató de TV3 és conscienciar els joves sobre les malalties tractades en el programa. Per aconseguir-ho, la Fundació desplega una intensa campanya de divulgació i sensibilització adreçada als centres educatius que arriba a més de 200.000 joves. Un col·lectiu format per 300 professionals de la salut s'encarrega d'impartir al voltant de 4.400 sessions divulgatives en cada nova edició. Les sessions es completen amb la projecció d'un reportatge que combina el testimoni de persones afectades amb explicacions mèdiques.